Le leggi napoleoniche che sancirono le soppressioni degli ordini conventuali provocarono la dispersione delle antiche raccolte librarie di Santa Giustina, che ammontavano, a inizio Ottocento, a 80.000 unità tra manoscritti e libri a stampa. I manoscritti un tempo conservati nella Biblioteca del monastero oggi arricchiscono biblioteche di tutto il mondo, come la British Library di Londra, la Bodleian Library di Oxford o la Bibliothèque nationale de France, a Parigi; più di trecento si trovano presso la Biblioteca Universitaria di Padova e in altre biblioteche padovane. Dell’antico patrimonio si sono conservati a Santa Giustina solo otto libri corali, che erano stati lasciati dal Demanio negli armadi della Basilica per uso liturgico. Si tratta di codici della prima metà del Quattrocento, riccamente miniati, che si ritiene siano stati realizzati all’epoca in cui l’abate di Santa Giustina era Mauro Folperti da Pavia, successore di Ludovico Barbo, che resse le sorti del cenobio dal 1437 al 1457. Oltre a questi corali, la Biblioteca possiede oggi circa 80 manoscritti, descritti all’interno del catalogo Manus Online

I manoscritti sono consultabili dagli studiosi, previa richiesta via mail.