Dopo le soppressioni napoleoniche che comportarono la chiusura del monastero nel 1810 e le dispersioni librarie conseguenti, la ricostituzione della Biblioteca di Santa Giustina con nuovo materiale bibliografico si è avuta con la riapertura ufficiale dell’Abbazia nel 1943. I primi libri antichi giunsero grazie a elargizioni di privati, come la raccolta del professore universitario Achille Roncato nel 1946. L’incremento è proseguito nel 1950 con il dono dei coniugi Domenico e Giannina Morassutti, con il lascito dell’avvocato Luciano Avogadro nel 1951, con la donazione degli eredi del medico Marco Antonio Trivellato, del medico Emilio Baroni e di ulteriori acquisti nel mercato antiquario da parte dei bibliotecari d. Ruperto Pepi OSB, d. Ludovico Maschietto OSB e d. Francesco Trolese OSB, grazie a fondi ministeriali.
I libri antichi sono descritti nell’OPAC nazionale  e in Galileodiscovery , e sono consultabili preferibilmente previo preavviso via mail all’indirizzo della Biblioteca.
La Biblioteca possiede tre incunaboli, descritti all’interno dell’Incunabula Short Title Catalogue (ISTC). Di seguito i link alle descrizioni dei tre incunaboli:
https://data.cerl.org/istc/ib00465000
https://data.cerl.org/istc/ib01248000
https://data.cerl.org/istc/iw00005000

I libri antichi sono consultabili dagli studiosi, previa richiesta via mail.