L’incremento librario della Biblioteca si è realizzato nel corso del Novecento con fondi ministeriali e donazioni di privati cittadini o di altre istituzioni. Alcune donazioni sono state raccolte e catalogate in fondi speciali:
Biblioteca Giuseppe Billanovich (1913-2000): filologo, umanista e italianista padovano, che dedicò indagini fondamentali a Petrarca, con le quali ravvivò le attività di lavoro dell’Edizione nazionale delle opere di Petrarca. Segnatura: BG.

Biblioteca Giuseppe Solitro (1855-1950): studioso di storia del Risorgimento e di storia locale, la cui biblioteca e l’ampio archivio di famiglia sono stati donati nel 1979 dagli eredi Giuseppe Solitro e Romana Moscarda. Segnatura: BS.

Biblioteca Alessandro Carlo Bellettato: 550 volumi di storia locale e risorgimentale donati dalla moglie Maria Garola nel 1989. Segnatura: BB.

Biblioteca Pier Alberto Sagramora: 2000 volumi di cultura varia donati dalla moglie Elena Stievano nel 1986. Segnatura: BE.

Biblioteca Donato Piantanida di Arco: il fondo, ancora in corso di catalogazione, consiste in 650 volumi di argomento perlopiù teosofico, con documenti d’archivio, donati dalla moglie Luisa Gina Mattei nel 1979. Segnatura: BP.

Biblioteca Marco Antonio Trivellato (1787-1869): medico-letterato di Bagnoli di Sopra, la cui antica raccolta libraria è stata, in parte, ricomposta in un fondo speciale, dato che si possiedono sia il catalogo originale, sia l’elenco delle singole librerie, largamente disperse tra gli eredi. La donazione di 450 volumi, tra cui 18 cinquecentine, è avvenuta nel 1974. Segnatura: BT.

Biblioteca Vittorio Zaccaria (1916-2015): filologo e critico letterario italiano, curatore delle opere latine di Boccaccio. Segnatura: BZ.

Biblioteca Paolo Ceccaroli (1966-2015): la composizione del fondo, ancora in corso di catalogazione e stimato per il momento approssimativamente in 3000 volumi, è molto varia, pur con una specifica caratterizzazione nell’ambito religioso, e rispecchia gli interessi eclettici del donatore Paolo Ceccaroli, proveniente da una storica famiglia veneziana di farmacisti. Segnatura: BC.

Fondo Restauro: è composto da monografie riguardanti la storia e le tecniche del restauro dei libri e delle stampe, arricchito da numerosi cataloghi d’arte di stampe ed incisioni. Tale collezione era appartenuta a don Ermenegildo Angelo Biasetto OSB (†2018), monaco professo in Santa Giustina nel 1950 e per molti anni direttore del Laboratorio di Legatoria e Restauro dell’Abbazia. Segnatura: RE.

Tanti altri singoli benefattori, i cui nomi sono annotati giorno per giorno nel Registro cronologico, contribuiscono a far aumentare considerevolmente il patrimonio documentario della Biblioteca.

I volumi appartenenti a fondi speciali sono consultabili dagli utenti e in parte disponibili al prestito.