Con la caduta della Repubblica di Venezia nel maggio 1797, e la conseguente occupazione francese, le numerose e fiorenti biblioteche monastiche subirono prima trafugamenti e requisizioni di libri considerati particolarmente pregiati da parte dei commissari francesi, insieme ad altre numerose opere d’arte e poi, in seguito alla pubblicazione del decreto per la riduzione delle corporazioni religiose negli stati ex veneti del 28 luglio 1806, esse vennero per la maggior parte smantellate, e per le preziose collezioni librarie ebbe inizio un processo di dispersione che proseguì per anni.
Anche l’abbazia di Santa Giustina venne colpita dalle soppressioni napoleoniche, con la definitiva chiusura il 25 aprile 1810; già nell’agosto del 1797 la biblioteca aveva subìto una prima spoliazione con l’invio di 17 codici, 31 incunaboli e 500 edizioni a stampa in Francia come bottino di guerra; inoltre, il 5 agosto 1806 la biblioteca venne sequestrata e posta sotto la sorveglianza di don Daniele Francesconi, direttore della Biblioteca Universitaria. Negli anni successivi i libri conobbero una sorte comune a quella di tante altre biblioteche religiose coeve del territorio: furti, sottrazioni, vendite clandestine nel mercato antiquario, fino allo spostamento, nel 1821, di tutti i volumi residui nei locali dell’ex convento di San Francesco, ove restarono per oltre quindici anni, fino a quando, tra il 1838 e il 1841, furono trasferiti alla Biblioteca Universitaria. Dei libri di Santa Giustina venne redatto un catalogo a parte, poi perduto.
Del patrimonio librario dell’antica Biblioteca sono oggi conservati vari inventari, compilati tra il XV e il XIX secolo, che permettono di avere un’idea della quantità dei codici e dei libri a stampa che arricchivano la celebre Biblioteca:
– un primo catalogo, quattrocentesco, si trova oggi nell’Inventarium bibliothecae monachorum nigrorum ordinis Sancti Benedicti habitantium in cenobio Sanctae Iustinae Paduanae, ms. Padova, Biblioteca Civica, B. P. 229, iniziato nel 1453 da un monaco anonimo sulla base di un precedente inventario e continuato fino al 1484 da altri bibliotecari. Tale inventario è stato edito la prima volta nel 1887 da Luigi Alberto Ferrai e nuovamente pubblicato e aggiornato da Giovanna Cantoni Alzati nel 1982;
– presso la Biblioteca Vaticana, codice Vat. Reg. lat. 2099, ff. 105r-213v, vi è un elenco di libri di Santa Giustina dell’anno 1600 redatto nell’ambito dell’indagine della Congregazione dell’Indice dei libri proibiti promossa negli anni 1598-1603, in seguito alla promulgazione dell’Index librorum prohibitorum da parte di papa Clemente VIII nel 1596 (Trolese, Index librorum);
– proseguendo in ordine cronologico si incontra l’elenco pubblicato, insieme a quello di altre biblioteche padovane, da Giacomo Filippo Tomasini nel 1639, alle pp. 41-48;
– un altro catalogo manoscritto settecentesco è compilato nel 1724 da un autore anonimo, forse don Giovanni Battista della Torre. Tale elenco è conservato nel ms. Padova, Biblioteca Universitaria, 1974: Index codicum mss. qui in Bibliotheca Sanctae Iustinae de Padua asservantur, anno 1724, mense augusti die 8;
– di pochi anni successivo è l’elenco manoscritto scritto dal monaco Giuseppe Maria Sandi, bibliotecario a Santa Giustina dal 1710 al 1741, oggi ms. Padova, Biblioteca Civica, B. P. 389: Index alphabeticus Bibliothecae Sanctae Iustinae de Padua 1736, opera et studio patris domini Iosephi Sandi, eiusdem coenobii prophessi et bibliothecarii, 1717 die 27 novembris inceptus, omnium librorum tam typis editorum quam manuscriptorum;
– un ulteriore catalogo dei soli manoscritti è del 1744: ms. Padova, Biblioteca Civica, B. P. 412, ovvero l’Index manuscriptorum qui asservantur in Bibliotheca monasterii Sanctae Iustinae de Padua anno Domini MDCCXLIV, vergato da don Gian Alberto Campolongo e postillato da don Innocenzo Maria Liruti, bibliotecario dal 1800 al 1806 (Maschietto, Biblioteca e bibliotecari, pp. 339-342);
– ancora nella Biblioteca Universitaria di Padova, con segnatura ms. 1984, è conservata l’opera in 22 volumi con titolo Indice della libreria di S. Giustina principiato in agosto 1789, vergata in parte da Atanasio Peristiani, in parte da Pier Maria Polinà, entrambi bibliotecari a Santa Giustina rispettivamente dal 1745 al 1764 e dal 1765 al 1800 (Maschietto, Biblioteca e bibliotecari, pp. 332-338);
– l’ultimo inventario, il cui autore è il bibliotecario Liruti, è del 1806 ed è l’attuale ms. Verona, Biblioteca Diocesana del Seminario Vescovile, A. 5: Ex bibliotheca monasterii patavini Sanctae Iustinae digessit, notasque adiecit Innocentius Liruti anno 1806 (Maschietto, Biblioteca e bibliotecari, pp. 342-344).

Riferimenti bibliografici alle pubblicazioni degli inventari:
Giovanna Cantoni Alzati, La biblioteca di Santa Giustina di Padova. Libri e cultura presso i benedettini padovani in età umanistica, Padova, Antenore, 1982 (Medioevo e Umanesimo, 48).
Luigi Alberto Ferrai, La biblioteca di S. Giustina di Padova, in Giuseppe Mazzatinti, Inventario dei manoscritti italiani delle biblioteche di Francia, II. Appendice all’Inventario dei Manoscritti Italiani della Biblioteca Nazionale di Parigi, Roma, Bencini, 1887 (Indici e Cataloghi, 5), pp. 549-661.
Bibliothecae Patavinae manuscriptae publicae et privatae quibus diversi scriptores hactenus incogniti recensentur, ac illustrantur, a cura di Iacopo Filippo Tomasini, Udine, Schiratti, 1639
Francesco Ludovico Maschietto, Biblioteca e bibliotecari di S. Giustina di Padova. 1697-1827, Padova, Antenore, 1981 (Miscellanea erudita, 34).
Index librorum qui sunt in Bibliotheca S. Iustine de Padua. Anno Domini 1600, Città del Vaticano, Biblioteca Apostolica Vaticana, Vat. Reg. lat. 2099, f. 105r-213v. Cart., s. XVII in, a cura di Francesco G. B. Trolese e Mauro Tagliabue, con introduzione di F. G. B. Trolese, La formazione dei monaci e cultura nella Congregazione Cassinese dall’introduzione della Stampa agli inizi del ‘600, in corso di stampa.